La mística azul volvía. Luego de diez años de ausencia, el símbolo del campeonato del 94` regresaba a las canchas. Tras numerosas negociaciones, el 2005 Salas retornaba al club de sus amores: Universidad de Chile.  Recibiendo el sueldo más alto del país, pero a la vez, donándolo en gran medida a los juveniles u asociaciones ligadas.

Los triunfos deportivos serían escasos. Sólo un partido internacional en su vuelta, y dos finales perdidas, parecerían el ocaso de una carrera brillante. Con un misticismo pocas veces visto, y una hinchada que jamás olvida, el apoyo concitado entorno a la figura de Salas fue increíble.

            La “U” está en quiebra y llega el síndico Edwards. José Marcelo está en contra de los despidos del administrador y el Síndico no renueva contrato con el goleador, es por esto que el “Matador” no juega el Apertura 2007. Pero vuelve el en el Clausura de ese mismo año después de la salida del síndico, con un viejo conocido, Arturo Salah…
             
Con el estratega de toda su vida, puede retirarse dignamente de la selección en un último proceso eliminatorio, y dejando más de 200 partidos por al U. Sus últimos dos goles ante Cobreloa (equipo con el que debutó, también con Salah en el banquillo) y los aplausos de principio a fin en aquel partido a Salas, dejan un recuerdo que para muchos será imborrable. Pues fue el último día de la 11 del capitán azul.